참여정부 시절 ‘국정원 과거사건 진실규명을 통한 발전위원회’(이하 국정원 발전위)가 KAL858기 사건 결과를 '조작'으로 몰아 가려 한 것이 아니었는지를 확인하기 위해 국정원 내부에서 진상조사가 이루어지고 있는 것으로 확인됐다.

9일 국정원 관계자는 “당사자의 한 사람인 김현희 씨가 그런 주장을 하고 일부 언론에서 그 주장을 보도하니까 어떻게 그런 얘기가 나오는지 배경을 알아보는 것”이라며 “아직까지 결말이 난 것은 아닌 것 같다”고 말했다.

9일 <중앙일보>는 여권 고위 관계자를 인용해 “전 정권에서 KAL기 사건 결과를 번복하려는 시도가 있었는지 확인중”이라며 “지난해말 국정원 내부에 태스크포스(TF) 팀을 꾸린 것으로 알고 있다”고 밝히고 “노무현 청와대의 지시가 있었는지도 조사 대상”이라고 보도했다. 이에 대해 국정원 관계자는 "부인할 문제는 아니다"며 사실상 시인했다.

김현희 씨는 지난해 10월 하순 이동복 씨에게 보낸 편지를 통해 국정원 발전위가 “3년동안, 저에게 사건의 당사자로서 조사받을 것을 십수차례나 요구해 왔다”며 “조사자로 출석하게 된다면, 국정원이 그동안 저지른 과오에 대해 면죄부를 주는 꼴이 되고, 위 ‘발전위’로부터 자신들의 정치적 목적에 부합한 방향으로 사실을 왜곡시키거나 또는 강압적 진술을 해야만 하는 불행한 사태가 발생할 것을 염려”해서 조사에 응하지 않았다고 주장했다.

그러나 김현희 씨의 주장과 달리 국정원 발전위는 KAL858기 사건은 조작이 아닌 북한 공작원 김현희.김승일에 의한 폭탄테러였다는 취지로 재조사 결과를 발표했다.

또한 참여정부 초반까지 국정원에 몸담았던 한나라당 이철우 의원은 지난해 11월 국회에서 “김현희씨가 TV에 출연해 ‘KAL기 사건은 조작이 아니다’는 점을 설명해 달라는 게 당시 국정원의 입장이었다”고 밝힌 바 있다.

김대중 대통령 당선 직후 결혼과 함께 공개활동을 중단한 김현희 씨는 지난 10년간 정부의 재조사 요구 등에 일체 응하지 않고 숨어 지내다가 이명박 정부 들어 자신이 부당한 대우를 받았고, 국정원과 언론, 일부단체가 연대해 KAL858기 사건의 진상을 뒤집으려 했다며 목소리를 높이고 있다.

국정원이 이에 대해 공식 조사에 착수한 것으로 확인되자 일각에서는 참여정부 시절 국정원 발전위를 통해 개혁을 주도했던 세력에 대한 물갈이의 소재로 이 문제를 활용하려는 것 아니겠느냐는 분석이 나오고 있다.

한편 KAL858기 가족회와 시민대책위는 이 사건의 진상규명이 철저히 이루어지기 위한 재조사가 필요하다는 입장이며, '진실화해를 위한 과거사 정리위원회'에 이 사건을 진정해 현재 재조사가 진행중에 있다.