국정원발전위는 보도자료에서 "國情院 과거사건 진실규명을 통한 발전위원회(이하 진실위)는 2006년 4월과 5월 두 차례에 걸쳐 미얀마에 대한 현장 조사작업을 벌여 1987년 실종된 KAL858기의 동체로 추정되는 매몰인공조형물을 발견했다"며 "진실위는 8월 1일 실시할 중간조사결과 발표에서 구체적인 수색과정과 동체추정 인공조형물의 사진과 영상자료들을 공개할 예정"이라고 밝혔다.

그러나 통일뉴스가 보도한 지난해 1-3월경 3차례에 걸쳐 국가정보원(원장 김승규, 이하 국정원) 측이 국정원발전위(진실위)에 알리지 않고 비밀리에 미얀마 인근 해역에서 사전 조사를 실시했다는 사실에 대해서는 "진실위는 國情院이 2004년∼2005년 자체적으로 실시한 미얀마 현장조사에서 취득한 현지 주민들의 KAL기 추정동체에 대한 증언을 넘겨 받아 2006년 4월 3일∼7일 미얀마 출장을 실시해"라고만 언급해 충분한 해명을 하지 않았다.

즉 국정원이 독자적으로 '2004-2005년에 자체적으로 실시한 미얀마 현장조사'는 인정했지만 국정원발전위가 국정원 측으로부터 '증언을 넘겨받아 2006년 4월 3일∼7일 미얀마 출장을 실시해'라고 묘사해 통일뉴스의 기사를 반박했다.

먼저 2005년 당시는 국정원발전위가 이미 2004년 11월 2일 발족해 활동을 개시한 시기이고 2월 3일에는 KAL858기 사건이 7대 우선 조사대상에 선정된 상황이었다. 따라서 오랜 기간 수면하에 잠자고 있던 KAL858기 잔해 조사를 국정원발전위를 제쳐두고 국정원 측에서 독자적으로 미얀마까지 가서 진행했다는 사실은 납득하기 어려운 대목이다.

또한 국정원발전위가 국정원 측으로부터 정보를 넘겨받아 올해 4월과 5월 두 차례 미얀마 출장을 다녀왔다는 해명은 국정원발전위가 현지 조사 과정에서 현지 교포의 증언을 통해 국정원 측이 잠수부까지 동원해 미얀마 현지조사를 미리 실시했다는 사실을 인지했다는 소식통의 증언과 어긋나는 것으로 이후 진실규명이 필요한 대목이다.

즉 해명 보도자료는 국정원 측이 국정원발전위에 '증언'을 넘겨줬다고 주장하고 있으나 소식통은 국정원발전위 조사팀은 미얀마 현지조사 이전까지는 국정원 측의 '잠수부까지 동원한 미얀마 현지조사' 사실을 몰랐다가 우연히 현지 교포의 증언을 통해서 이 같은 사실을 뒤늦게 알았다는 것이다. 따라서 보도자료는 통일뉴스의 보도를 부정한 셈이다.

국정원 공보담당관은 "진실위에서 입장을 전해왔고, 진실위 입장을 전달한 것"이라며 다 풀리지 않은 의문에 대해 국정원발전위 측의 입장이 아닌 국정원 측의 입장을 묻자 "다시 진실위에 물어볼 것"이라고만 답했다.