우리당은 당내 개정론과 폐지론 사이의 '교통정리'가 마무리되지는 않았지만 대체로 폐지 및 폐지에 가까운 개정을 주장하지만 한나라당은 일부 국보법 조항을 대폭 완화할 수 있지만 전체적인 뼈대는 유지하자는 입장이다.
다음은 조항별 양당의 입장 차이
◇2조(반국가단체 정의) = 우리당은 발전하는 남북관계를 반영해 반국가단체의 정의 중 북한을 겨냥하고 있는 '정부를 참칭하거나'라는 부분을 삭제해야 한다는 입장이다.
이 같은 입장은 우리당내 개정론자를 포함, 국보법 폐지 후 대체입법론자들과 형법보완론자들에게서도 공통으로 찾아볼 수 있다.
특히 국보법을 폐지한 후 형법으로 보완하자는 주장을 펼치는 의원들은 국보법 2조가 없어도 형법에서 북한을 '국헌을 문란할 목적으로 지휘통솔체제를 갖춘 단체'로 규정한다면 북한과 관련된 각종 이적행위를 외환죄로도 처벌할 수 있다는 주장을 펼치고 있다.
이에 대해 한나라당은 국보법 2조는 절대 유지해야 한다는 입장이다.
헌법 3조의 영토조항에 따라 북한을 정부참칭단체로 규정하고 있는데, 이를 변경하거나 삭제하면 대한민국의 정통성을 부인하는 것과 마찬가지라는 게 한나라당의 논리다.
◇7조(찬양.고무 등) = 우리당 개정론자들은 찬양.고무죄를 없애는 대신 적극적인 행위를 처벌하기 위한 선동죄는 존치시키고, 법정형을 현행 7년 이하에서 3년 이하로 하향하자고 주장한다.
이 같은 입장은 국보법 7조가 양심의 자유와 인권을 침해한다는 비판에 따른 것이다.
우리당 개정론자들은 이와 함께 7조5항의 이적표현물 관련 규정 중 이적표현물을 소지한 자에 대한 처벌은 삭제하고, 이적표현물을 제작하거나 판매한 자에 대해서만 처벌할 것을 주장한다.
이같은 우리당의 개정론에 대해 한나라당은 "7조 전체를 삭제하는 수준으로 개정하려는 의도"라고 부정적인 입장을 보이고 있다.
한나라당은 찬양.고무죄를 존치시키되, '국가의 존립.안전이나 자유민주적 기본질서를 위태롭게 할 목적으로'라는 부분을 집어넣어 찬양.고무죄의 성립요건을 더욱 엄격하게 한다면 인권침해 요소가 해소될 것이라는 논리를 펴고 있다.
이 같은 한나라당의 입장은 찬양.고무죄를 삭제할 경우 '광화문에서 인공기를 흔들어도 처벌하기 어렵다'는 사회 일각의 우려를 반영한 것으로 보인다.
◇10조(불고지죄) = 국보법의 대표적인 독소조항으로 꼽히는 불고지죄에 대해 우리당과 한나라당 모두 삭제 입장을 보이고 있다.
다만 한나라당은 민법상 친족범위에 대한 불고지죄는 형을 면제하고, 그 외 친인척의 경우에는 형을 감면한다면 불고지죄를 존치할 수도 있다는 입장이다.
◇기타 = 헌법재판소의 위헌결정이 내려진 국보법 19조에 대해서는 우리당은 삭제를, 한나라당은 위헌결정 부분 개정을 주장하고 있다.
국보법 19조는 피의자의 구속기간을 최대 20일간 연장할 수 있도록 규정하고 있다.
이와 함께 국가보안법 위반자를 체포한 수사기관에 대한 포상 규정인 21조에 대해서는 우리당과 한나라당 모두 삭제를 검토할 수 있다는 입장이다.