대남 공작기구인 조선노동당 문화부 산하 기구로 1959년 12월 '남조선연구소'라는 이름으로 설립됐다가 75년 대남사업 부진을 이유로 문화부가 폐지되면서 독립한뒤 78년 1월 신설된 '통일전선부'에 흡수됐다.
90년 남한의 통일원(현 통일부)에 부설 기구로 '민족통일연구원'(현 통일연구원)이 발족하자 이에 대응하여 현재의 이름으로 개명했다.
연구원의 주요 임무는 ▲대남 정세 분석 및 대남 정책자료 작성 ▲남한의 주요인사 정보 분석 및 평가 ▲미국ㆍ일본 등 한반도 주변국가의 한반도 정책 수집 및동향 연구 등이다.
원장과 부원장 밑에 종합정세연구실, 인물자료연구실, 군사정책연구실, 언론출판연구실, 해외교포 연구실, 종합편집실 등을 두고 있다.
이종혁 아시아태평양평화위원회 부위원장이 97년부터 원장을 맡고 있으며, 김중린 노동당 비서, 전금철 조국평화통일위원회 부위원장 등이 원장을 역임했다.
근무인원은 600여 명이며 '남조선 연구'라는 잡지를 발행하고 있는 것으로 알려지고 있다.