<요미우리신문>은 1일자 사설을 통해 "일본이 서둘러 쌀 50만톤을 지원하면서까지 공을 들인 북일수교교섭은 상당한 주목을 받았지만, 결국 아무런 진전없이 끝나고 말았다"다고 지적하였다. 신문은 이런 결과는 "지극히 유감스러운 일이지만 서두른다고 해서 북일관계가 급진전될 리 없다"고 하면서 "일본은 경제협력이라는 최대의 승부수를 유지시키면서 과거청산 및 일본인 납치의혹, 미사일 위협의 일괄처리 원칙을 고수해 나가야 한다"고 주문하였다.
<도쿄신문>도 1일자 사설에서 이번 수교협상 결과를 보고, "북일수교 전망이 밝지 않은데다 이제야 겨우 실질적 토론이 시작되었다는 현실은 3년전 일본여당 방북단이 범한 잘못에 기인하는 바가 적지 않다"고 말하였다. 신문은 3년전 일본 여당 방북단은 "외교의 기본을 일탈"하였다고 하면서 구체적으로 당시의 `쌀지원 50만톤 밀약설`, `행방불명자 제3국 발견제안` 등을 지적하였다.
이 신문은 당시 여당 방북단의 그런 행동의 영향은 "북한과의 무원칙한 타협을 제안함으로써 결국 정부간 교섭에 큰 장애가 되고 있는 것"이라고 지적하면서, "이번 쌀 50만톤 지원도 결국 과거약속의 이행으로 평가절하됐을 뿐 북한의 태도변화를 유도하지 못하는 우를 범했다"고 경고하였다.
<산께이신문>도 같은 날짜의 사설에서 "북일교섭이 당초 예상대로 별 진전없이 끝났으나, 일본의 최대관심사인 일본인 납치의혹에 대한 북한의 성의있는 태도가 조금도 보이지 않는 만큼 일본이 서두를 필요는 전혀 없다"고 지적하였다. 신문은 "지금 일본외교에 필요한 것은 원칙을 고수하는 의연한 주체성"이라고 주문하였다.
이번 북경의 수교협상 결과에 대한 일본 언론들의 이같은 반응은 북한의 군사적 위협 및 납치의혹 문제 대한 분명한 문제제기, 이와 연계한 대북 지원 및 경제협력, 일본 정부의 신중하고 의연한 태도 등을 요구하고 있다. 그러나 이번 협상에서 공동 보도문 같은 합의가 발표되지 않았다고 협상결과를 부정적으로 보는 것에 대해 다른 의견들도 존재하고 있다.
협상 직후 <아사히신문> 등 일부 언론에서는 일본측이 과거 식민통치에 대한 공식 서면사과를 할 준비가 되어 있으며, 이로써 그동안 교착상태에 빠져 있던 양국간 협상이 새로운 국면으로 진척할 것이라는 전망이 나오기도 하였다. 이렇게 볼 때 공동보도문 같은 것이 나오지 않은 것은 △배상을 둘러싼 자금 규모 및 지불 방식 등에 대해 합의가 이루어지지 못했으며 △따라서 제12차 협상이 빠른 시일내에 열릴 가능성을 열어둔 것으로 해석할 수도 있다.